Landet, som har det högsta antalet fall i Afrika söder om Sahara, har rapporterat mer än 1, 500 infektioner och 9 dödsfall hittills, och står nu inför en nästan viss djup lågkonjunktur som kan drabba utsatta bönder, rapporterade Reuters.
Jordbruksdepartementet, Landreform och landsbygdsutveckling sa att de skulle fokusera medlen på fjäderfä, andra boskap och grönsaker men skulle utvärdera ansökningar från fall till fall.
"Avdelningen har avgränsat 1,2 miljarder rand för hjälp för att främst rikta in sig på ekonomiskt nödställda småskaliga jordbrukare, "Jordbruksminister, Markreform och landsbygdsutveckling, Thoko Didiza, sa i måndags.
Sydafrikas jordbruksindustri har både kommersiella producenter och småskaliga bönder, som ofta tillhandahåller mat och sysselsättning i sina samhällen och är avgörande för att säkerställa livsmedelssäkerhet.
Jordbrukare som är kvalificerade för stöd skulle behöva uppfylla vissa kriterier inklusive sydafrikanskt medborgarskap, vara verksam inom jordbruket i minst 12 månader och vara med i jordbrukarnas register.
Sydafrika gick in i en 21-dagars låsning vid midnatt den 26 mars, med människor begränsade till sina hem och de flesta företag stängda.
($1 =18,7655 rand)