De flesta aquaponics trädgårdsmästare möter växt-mumsande skadedjur i sina aquaponics grönsaker från tid till annan, och vanligtvis, det här är ingen stor sak. Dock, ibland stiger antalet skadedjur till en oacceptabel nivå som kan orsaka skador på plantorna. I takt med att många trädgårdsmästare inom akvaponik blir mer medvetna om den potentiella skadan av exponering för syntetiska kemiska bekämpningsmedel, många vill hoppa över denna metod och vända sig till andra skadedjursbekämpningsmetoder