Reuters rapporterar att oro över flytten också kommer från Mexikos massiva boskapssektor.
En examen den 31 december som förbjuder användningen av genetiskt modifierad majs under tre år har utlöst en frenesi av lobbyverksamhet som uppmanar tjänstemän att ompröva.
Jordbruks- och ekonomidepartementen höll ett möte på hög nivå med industrirepresentanter i veckan, enligt flera deltagare.
Samma dekret kräver också ett förbud mot herbiciden glyfosat, används i Mexiko av tusentals små och stora gårdar för att öka skördarna.
Medan Mexiko, födelseplatsen för modern majs, har aldrig tillåtit plantering av spannmål i kommersiell skala med hjälp av frön som innehåller genetiskt modifierade organismer (GMO), den importerar miljontals ton sådan majs för sin växande boskapssektor, bland många andra industriella användningsområden.
Dekretet beskriver inte hur landet kan ersätta förnödenheterna.
Jose Cacho, president för Mexikos majsindustrikammare CANAMI, sade att förbudet mot GMO-majs inte fungerar på grund av leveranskedjor som i flera år har utvecklats runt dem, från boskap till ett svindlande utbud av kryddor och såser som använder stärkelse som härrör från samma majs.
"Detta dekret är helt skilt från verkligheten, sa Cacho, vars 25-företagsgrupp inkluderar toppmajskvarnare som Gruma och spannmålstillverkaren Kellogg, samt råvaruhandlaren Cargill.
Jordbruks- och ekonomidepartementen erkände i ett gemensamt uttalande senare fredagen den 15 januari att minst ett möte med industrirepresentanter ägde rum, och tillade att åtgärder för att "gradvis ersätta användningen av genetiskt modifierad gul majs" beskrevs och skulle hjälpa till att öka den inhemska produktionen.
Påståendet, dock, inte detaljerade åtgärderna.
En rapport från det amerikanska jordbruksdepartementet tidigare denna månad beskrev Mexikos politik gentemot så kallad bioteknik som "allt mer osäker" under president Andres Manuel Lopez Obrador.
Anhängare av dekretet hävdar att GMO-frön lätt kan kontaminera inhemska majsstammar och pekar på forskning som visar att glyfosat kan orsaka cancer såväl som förhöjd insektsdödlighet.
Mexiko är den största utländska marknaden för amerikansk gul majs, som nästan alla är genetiskt modifierade.
Cacho fruktar att regeringen kan tolka dekretet att förbjuda användningen av GMO-majs i allt som slutligen konsumeras av människor, från nötkött till ketchup.
Mexiko importerade cirka 18 miljoner ton mestadels GMO-majs förra säsongen, eller omkring 40 procent av den nationella konsumtionen.
Mexiko producerar det mesta av sin egen vit majs, eller cirka 25 miljoner ton, används för att göra landets bastortillas, men lite vit majs importeras också.
Nästan alla tillgängliga majsförråd från USA, men också från rivaliserande producenter i Argentina och Brasilien, är genetiskt modifierade. Det skulle göra det nästan omöjligt att tillgodose den mexikanska efterfrågan utan GMO-tillförsel om dekretet tolkas brett.
Historiskt sett, Mexikansk lag har inte antagit olika standarder för godkännanden av livsmedel för mänsklig konsumtion och djurfoder, som båda hanteras av hälsoministeriets sanitetsskyddsmyndighet COFEPRIS. Det har utfärdat 90 godkännanden för GMO-majs som används i livsmedel och djurfoder från och med förra året.
Under tiden, sedan slutet av 2019, miljödepartementet har stoppat alla tillståndsgodkännanden för import av glyfosat.
Cacho uppskattar att ett förbud för bönder att använda det skulle sänka avkastningen med minst 30 procent, vilket han sa sannolikt skulle göra landet ännu mer beroende av import.
Läs mer om den här historien här.
