En av de mest kritiska faktorerna för ett framgångsrikt akvaponiksystem är korrekt upprätthållande av pH-nivån i vattnet i systemet. Korrekt underhåll av pH-nivån i aquaponics är viktigt men knepigt på grund av de tre huvudsakliga levande komponenterna i systemet. Fisk, växter, och bakterier har sitt eget idealiska pH-område. När pH-nivån ligger utanför det ideala intervallet, det kan orsaka låg växttillväxt och ohälsosamma fiskar, eller det kan leda till döden av en eller flera av dessa levan