Patogena mikrober, dock, utgör en betydande utmaning för producenterna. Fågelinfluensa, Newcastlesjuka och infektiös laryngotrakeit kan orsaka betydande ekonomiska förluster och i vissa fall förlust av hela flocken, medan andra patogener, tycka om Salmonella och E coli , är zoonotiska och utgör en risk för människors hälsa. Patogener har en mängd olika vägar från vilka de kan komma in i levande produktion. Mekaniska vektorer som vattenkällor, gnagare, och insekter, utgör en risk inom gårda